El retablo, pieza mixta de escultura y pintura, se organiza en banco, tres cuerpos, cinco calles y ático. Las dos calles extremas se alabean, seguramente para adaptarse a la forma poligonal del primitivo presbiterio. Según Enrique Valdivieso se trata de “una de las mejores obras de escultura y pintura del renacimiento en España”. Este retablo, que ha sido calificado como uno de los más bellos de la época, es de tipo manierista para Parrado del Olmo, que cree reúne  características que así lo acreditan, como es el movimiento de los entablamentos, el encaje de relieves en una arquitectura de columnas, los juegos palladianos del primer cuerpo, el derroche de fantasía del sobrecuerpo, con relieves y pinturas en medallones elípticos, y la complejidad de la cúspide.

El banco está formado por dos tablas pintadas representando el Santo Entierro y el Descendimiento de la Cruz. Coincidiendo con los plintos de apoyo de los órdenes de los cuerpos, se sitúan los relieves de San Agustín, San Jerónimo, el Rey David tocando el arpa, Josué con la espada, San Mateo con el ángel, San Lucas con el toro, San Marcos con el león y San Juan con el águila de Patmos para concluir con las figuras de San Ambrosio de Milán y San Gregorio Magno. En el centro del banco tiene cabida el Sagrario, cuya puerta exhibe un relieve de Cristo atado a la Columna. A los lados, los relieves de San Pedro y San Pablo. Unas pilastras acanaladas seccionan la Custodia para albergar estos motivos. En su cúpula luce una pequeña Virgen con el Niño.

En el relieve de la Epístola acontece la Muerte de San Millán, que está tumbado en una cama flanqueado por monjes estereotipados, de mentón prominente y nariz acusada y recta, dos de los cuales, uno leyendo la recomendación del alma y un segundo cruz en mano, están dándole la extremaunción.